Niedoceniana prawniczka Rita otrzymuje propozycję nie do odrzucenia. Zleceniodawcą jest narkotykowy baron Manitas, dla którego ma zorganizować formalności związane ze zmianą płci. Bohaterka przyjmuje ofertę i znakomicie radzi sobie z realizacją zadania, w trakcie którego spotyka na swojej drodze tytułową Emilię Pérez. Kobieta jest całkowitym przeciwieństwem Manitasa. To pełna empatii, charyzmatyczna filantropka walcząca o Meksyk bez przemocy. Czy jednak da się wymazać krwawą przeszłość?