Dziewczynka o imieniu Sheeta spada z nieba wprost w ramiona młodego górnika Pazu. Bezpieczne lądowanie zawdzięcza magicznemu kryształowi, który nosi na szyi. Według legend kryształ ten jest kluczem do podniebnego królestwa Laputa, skrywającego liczne skarby i zaawansowaną technologię, o której ludzie mogą tylko marzyć. Zdeterminowani Sheeta i Pazu wspólnie wyruszają w niebezpieczną podróż, aby odnaleźć Laputę i rozwiązać jej zagadkę. Na ich drodze stają piraci, wojsko oraz tajemniczy agent Muska, a każdy z nich ma własne powody, by odnaleźć i zdobyć miasto. Zmagając się z licznymi przeciwnościami, bohaterowie muszą wykazać się sprytem, odwagą i siłą przyjaźni.